当你在Git中遇到提示”up-to-date”（已经是最新的）但仍然存在未删除的文件时，通常是因为你的本地库处于另一个分支中，需要将当前分支重置到主分支。以下是解决此问题的步骤：

1. 切换到主分支：

git checkout master

2. 强制重置本地分支至主分支：

git reset --hard

3. 强制拉取并覆盖本地文件：

git fetch --all
git reset --hard origin/master
git pull

另外，如果你在使用git clone下载代码时采用了HTTPS而不是SSH形式，当你进行git pull/push到远程仓库时，可能会频繁提示输入用户名和密码，这样会很麻烦。你可以通过以下方法解决：

在项目目录下使用Git Bash输入以下命令：

git config credential.helper store

如果需要全局配置，则使用以下命令：

git config --global credential.helper store

这样，Git就会在本地持久存储你的凭据信息，避免了频繁输入用户名和密码的麻烦。